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FATの一つで、FAT領域のクラスター番号を16ビットで管理するファイルシステム(ディスク管理方法)のこと。
FAT16はMS-DOS 3から対応された。但し、MS-DOS 3はセクター数を16ビットでしか指定できないため、32Miバイト以上のパーティションを切ることができない。当時はこれが「32Mバイトの壁」と呼ばれていた。
このためPC-9801でSCSIの大容量ディスクを使うには、MS-DOS 5を待たねばならなかったが、DOS5以降、ハードディスクドライブやMOなど、多くの媒体に利用されている。
ボリュームのサイズに応じて、次のようなクラスターサイズがデフォルトとして使われている。
なお、FAT16は8Miバイト未満のボリュームに対応しない。これらはFAT12が使われる。またFAT16ではWindows NT 4.0を使っても最大16Giバイトまでしか対応しない。
また4Giバイトを超える場合、セクターサイズが512バイトよりも大きくなる。
ちなみにWindows NTでは64Kiバイトのクラスターが利用できるため、倍の約4GiバイトまでのディスクをFAT16で管理することができる。
この特殊なFAT16を、俗に「FAT64」などということがある。
一般にFATの後の数字はクラスター番号のビット数だが、この場合の64はそれとは無関係で、クラスターサイズが64Kiバイトであることを表わしている。
Windows NT 4.0では更に128Kiバイト、256Kiバイトまでが仕様上存在するが、これらをFAT128やFAT256と呼ぶのかは定かではない。
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