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親兄弟親族など、血縁的に近い関係で交配を行なうこと。これは、病気になりやすいということで、忌まれている。
人間は二倍体なので、片方の染色体に変異があったとしても、もう一方の染色体の正常な遺伝子が働いていれば、それほど致命的な結果にはならない。しかし近親交配によってその変異がホモになってしまった場合、(変異している遺伝子にもよるが)援助してくれるものが無くなってしまうため、様々な不都合が生じることになる。
人間は、平均して20個程度の遺伝子異常、5個程度の致死遺伝子を皆が持っているとされる。しかし殆どの人が正常であるのは、遺伝子が二倍体だからで、仮に母親由来の遺伝子が異常であっても父親由来の遺伝子が頑張ってくれれば健康、ということである。
このことから、血の似通った近親交配の場合は、その異常遺伝子がホモ接合体となる可能性、つまり両親からの遺伝子が共に働かない可能性は、全く無縁の人との交配の時と比べて遥かに高くなるだろうことは、想像に難くない。重篤な症状となる劣性遺伝病の多くは、いとこ婚より誕生しているとも言われるが、ある人とそのいとこが同じ遺伝子疾患を持つ可能性は1/8ということからも証明できる。
こうして生物は、近親相姦をすると異常遺伝子をホモでもつ可能性が高くなり一族は滅びることを経験的に知り本能のレベルで忌避しているとする説もあるが、本能でないとしても近親相姦を忌避する固体のほうが子孫を残しやすいため、現在の人間社会においても近親交配は倫理として忌避する人が多いのだと考えられる。
その一方で、近親交配が起きやすい種ほど致死遺伝子が淘汰されやすいとも考えられる。これは致死遺伝子をもつ一族は滅んでしまうからである。また近親交配が起きやすい種ほど、雄が伴性遺伝病になりやすいため、性比は自ずと雌に偏ることになる。
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