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大きく分けて分子や原子をイオン化する部分(イオン源)と、そのイオンを質量の違いによって分離する部分(分析計)、分離されたイオンを検出する部分(検出器)の3つの部分からなっている。
特にイオン化法と分析計についてはいくつかの方法が開発されており、測定するサンプルや行ないたい分析内容によって最適なものを選択する必要がある。
イオン化法としてはAPCI、CI、EI、ESI、FAB、MALDIなどが知られている。
一方分析器としては四重極型、イオントラップ型、TOF型、FT-ICR型、磁場型などがある。
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