ドメイン (分類)

三ドメイン説における三つのドメインは次の通り。

• 真正細菌
• 真核生物
• 古細菌

三ドメイン説は、原核生物/真核生物で分ける二帝説や、界で分ける二界説や五界説、六界説などを過去のものとした。

そして現在、真核生物は古細菌から進化したとする有力な仮説が提唱されている。古細菌は大きくユーリ古細菌(Euryarchaeota)とクレン古細菌(Crenarchaeota)とに分類されるが、古細菌のうちクレン古細菌と真核生物にある共通の遺伝子挿入が認められたとして、これを無理なく説明するにはまずユーリ古細菌が分岐し、次にクレン古細菌と真核生物の共通祖先からそれぞれが分岐したと説明するのが自然だとする仮説が提唱された。これがエオサイト説の始まりである。

現在ではクレン古細菌と真核生物はやや遠いとする研究結果が多く、また様々な系統樹が提唱され否定されながらも、いずれにせよ真核生物は古細菌から分岐したとする有力な仮説が多数提唱され続けていて、この仮説に基づけば、3つのドメインに分けるのではなく、「細菌」と「真核生物+古細菌」の二つに分ける方が適切ということになる。

三ドメイン説が過去の分類を葬ったように、いずれは三ドメイン説も新しい分類に葬られることになるのだろうと思われる。

近年はDNA研究も進んでおり、五界説や六界説といったものは完全に過去の存在となり、三ドメイン以下、細分類するような研究が進められている。このため、動物と菌は同じグループ下に収まる、といった研究成果が出ている。

そのような真核生物の分類は、次のようになる。なお、これは研究中の説の一部を表にしたもので、研究が進むごとに変化すると見込まれるものである。

(界)など()で分類階層を書いているものは、和名では…界などと呼ばれないが、実質的にその階層にあるものを意味する。

• 真正細菌
• 古細菌
• 真核生物
  • ユニコンタ Unikonta
    • オピストコンタ/後方鞭毛生物 Opisthokonta
      • 菌界(真菌) Fungi
      • ホロゾア Holozoa
        • メソミセトゾア Mesomycetozoa
        • フィロゾア Filozoa
          • フィラステレア Filasterea
          • コアノモナダ Choanoflagellatea
            • 襟鞭毛虫門 Choanozoa
          • 後生動物 Metazoa = 動物界 Animalia
            • 側生動物亜界 Parazoa
            • 真正後生動物亜界 Eumetazoa
      • ヌクレアリア類 Nucleariid
    • アメーボゾア(門)/アメーバ動物 Amoebozoa
      • ロボサ Lobosa
        • Discosea
        • Tubulinea ツブリナ
      • フラベリナ Flabellinea
        • Dactylopodida
        • Vannellida
        • Thecamoebida
        • Hismatismenida
      • コノーサ Conosae
        • アメーバ類 Archamoebia
        • (訳語なし) Stelamoebia (直訳すれば星アメーバ類?)
        • 変形菌(真性粘菌) Myxogastria
  • バイコンタ Bikonta
    • エクスカバータ(界) Excavata
      • メタモナス類 Metamonada
      • ロウコゾア門 Loukozoa
      • ユーグレノゾア Euglenozoa
      • ペルコロゾア Percolozoa または ヘテロロボサ Heterolobosea
    • Plants+HC+SARメガグループ
      • アーケプラスチダ Archaeplastida (「植物界 Plantae」と同義)
        • 紅色植物門 Rhodophyta
        • 灰色植物門 Glaucophyta
        • 緑色植物亜界 Viridiplantae/Chloroplastida
          • 緑藻植物門 Chlorophyta
          • ストレプト植物門 Streptophyta
      • ハクロビア(亜界) Hacrobia
        • ハプト植物門 Haptophyta
        • クリプト植物門 Cryptophyceae
      • SARスーパーグループ(界)
        • ストラメノパイル Stramenopiles
          • 不等毛藻門 Heterokontophyta
        • アルベオラータ(上門) Alveolata
          • 繊毛虫門 Ciliophora
          • アピコンプレックス門 Apicomplexa
          • 渦鞭毛虫門 Dinoflagellata
        • リザリア(上群) Rhizaria
          • ケルコゾア Cercozoa
          • レタリア Retaria
            • 有孔虫 Foraminifera
            • 放散虫 Radiolaria
  • その他