環状ではないDNAないしRNA構造の一方の端部。
たとえばDNAはヌクレオチドで構成されるが、うち3'末端はデオキシリボースに水酸基(‐OH)が付いている。
DNAやRNAは、燐酸が糖(RNAならリボース、DNAならデオキシリボース)の3番と5番の炭素をエステル結合で結び長い直鎖上分子を作るものである。
こうして長い分子ができたとき、それぞれの末端は3番と5番の炭素ということになる。このうちの3番の炭素となる末端を3'末端という。
DNAや、DNAから翻訳され蛋白質合成に使われるmRNAには方向性があり、蛋白質合成は常に5'末端から3'末端方向に進む。
またDNAポリメラーゼはDNA複製時も、5'末端から3'末端への伸長を行なう。
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