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ある遺伝子に重畳する別の遺伝子。一本のRNAまたはDNAが複数の蛋白質をコードしていること。
遺伝子は3ヌクレオチドを1単位(コドン)とみなすトリプレット暗号である。従って通常は、常に決まった位置から読み始めて3個1セットとして認識する必要があるが、これを一つまたは二つずらして読むこと、つまり「読み枠」をずらすことも理論上は可能である。
多くの場合、そうして生じた蛋白質は機能しないが、稀に機能する別の遺伝子として働く例がある。つまりフレームシフト突然変異によって生じる蛋白質が機能することがあり、そしてそれが必要な蛋白質であり蛋白質合成が行なわれることが生存の前提条件になって場合、ずれて読んだ部分ももう一つの遺伝子であると言うことができる。
このように、一つの塩基配列を本来の読み枠とは異なる読み枠で翻訳すると、機能する別の遺伝子となる場合、それは遺伝子が重畳しているとみなすことができ、これをオーバーラップ遺伝子という。
オーバーラップ遺伝子は、ウイルスでよく見られる。
オーバーラップ遺伝子は、一つの塩基配列から二つの異なる読み枠で翻訳された二つの蛋白質が作られる。従って、もし途中の塩基が変化すると一つの蛋白質しか合成しない通常の場合よりも影響が大きいことになる。
このため、オーバーラップ遺伝子が発見された当初は、機能する遺伝子を維持するためにRNAやDNAの変化への制約はオーバーラップ遺伝子がない場合よりも厳しいと予測された。
しかし研究の結果、それでもRNAやDNAは実際に変化をし、遺伝子やオーバーラップ遺伝子もそれによって変化をすることが分かり、二つの蛋白質を作るからと言っても変化に対する制約が強いということはない、ということが分かっている。
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