菌
読み：きん

　生物の種類の一群で、菌類や、それに類する微小な生物の総称。但し、明確な定義はない。
目次
概要
原義
　元々、菌という語は「きのこ」を意味した。菌は、音読みは「キン」だが、訓読みは「きのこ」である。
　近代科学発展以降には「きのこ」に類すると見られる生物を総じて菌と呼ぶようになった。
　しかし時代の変遷と共に様々な微生物が発見されると、類縁関係の有無を問わず単に菌と呼ばれるようになったことから、意味が混乱することとなった。
特徴
近代の意味の菌
　近代の意味での菌は、五界説で菌界に属する生物群を指す。菌界は真核生物ドメインに属している。
　具体的には菌界に属する「真菌」をいい、茸、黴、酵母などがある。
　区別のため、これを菌類と類を付けて呼ぶ。菌より意味が広そうだが、実際は狭い。
混乱後の菌
　後に発見された生物群として「細菌」(バクテリア)がある。
　現在は、真正細菌ドメインに属する真正細菌界の生物を細菌というが、これは上に述べた真菌とは系統上も全く異なるものである。
　細菌は桿菌や球菌に分けられ、この中には結核菌など病原体や、乳酸菌など日常生活に関わり深いものが含まれる。
　日常的に菌と言った場合、今や真菌よりはこの細菌のことを指すことが多い。
古細菌
　かつては細菌の一群と考えられ、やがて三ドメイン説で一つのドメインにまで分離された生物群の訳語に「古細菌」と命名された。
　ドメインすら異なるということは、完全に異なる生物群ということで、菌類でないことはもちろん、細菌ですらもない。しかしここにも菌という字が使われている。
主な「菌」
　現在、菌と呼ばれる生物群は、次のようなものがある。分類については様々な説があるが、ここでは一例を採用した。
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