HIV-1
読み：エイチアイヴィーワン
外語：HIV-1: Human Immunodeficiency Virus-1
ヒト免疫不全ウイルス-1。
目次
概要
特徴
グループ
Group Mのサブタイプ
組換え型流行株(CRF)
概要
後天性免疫不全症候群こと
AIDS
(エイズ)を引き起こすウイルス
HIV
のうち、最初に発見されたもの。
研究によると、
チンパンジー
のサル免疫不全ウイルス(
SIV
)のSIVcpzに感染したチンパンジーを
人間
が獲って食べたことで人間に感染し、やがてHIV-1が誕生したと考えられている。
特徴
グループ
HIV-1は、塩基配列によって4グループに分けられ、それらは更に複数のサブタイプが存在する。
Group M (Main; Major) ‐ 世界中に蔓延している、ありふれたタイプ
Group O (Outlier) ‐ 西アフリカや中央アフリカに見られる
Group N (New; non-M/non-O) ‐ カメルーンで発見された
Group P (pending) ‐ ゴリラ由来と思われる新種で、カメルーン人から発見された
グループは更にサブタイプに分けられている。
Group Mのサブタイプ
Group Mは、次のサブタイプに分かれており、一部は更にサブサブタイプに分かれている。
A
A
A2
B
B'
C
D
(E) (後述)
F
F1
F2
G
H
I
J
K
他に、組換えウイルス(Recombinant Virus)もあり、組換え型流行株(CRFs: Circulating Recombinant Forms)と、孤立型組換えウイルス(URFs: Unique Recombinant Forms)とに分けられている。
これらは世界中に播種している。播種先で新生したCRFを除いては、あらゆるサブタイプ、CRFが中央アフリカに存在しており、この地域がAIDS流行の起源地とみなされている。
組換え型流行株(CRF)
Group MのサブタイプEは実際には純粋なものは確認されておらず、最初に発見されたものはCRF01_AEとされる組換え型流行株(CRFs: Circulating Recombinant Forms)だった。現在はこれらをまとめてサブタイプEとしている。
CRFのあとの数字はゼロパディングして2桁で余裕が持たされていたが、これを著している時点で既に100種類を超えており、その種類は膨大なものとなっている。
Los Alamos National LaboratoryのHIV sequence database
によると次の通り。
CRF01_AE (A, E)
CRF02_AG (A, G)
CRF03_AB (A, B)
CRF04_cpx (A, G, H, K, U)
CRF05_DF (D, F)
CRF06_cpx (A, G, J, K)
CRF07_BC (B', C)
CRF08_BC (B', C)
CRF09_cpx (A, G, U)
CRF10_CD (C, D)
CRF11_cpx (A, E, G, J, U)
CRF12_BF (B, F1)
CRF13_cpx (CRF01, A, G, J, U)
CRF14_BG (B, G)
CRF15_01B (CRF01, B)
CRF16_A2D (A2, D)
CRF17_BF (B, F1)
CRF18_cpx (A1, F, G, H, K, U)
CRF19_cpx (A1, D, G)
CRF20_BG (B, G)
CRF21_A2D (A2, D)
CRF22_01A1 (CRF01, A1)
CRF23_BG (B, G)
CRF24_BG (B, G)
CRF25_cpx (A, G, U)
CRF26_A5U (A, U)
CRF27_cpx (A, E, G, H, J, K, U)
CRF28_BF (B, F1)
CRF29_BF (B, F1)
CRF30_0206 (CRF02, CRF06)
CRF31_BC (B, C)
CRF32_06A6 (CRF06, A6)
CRF33_01B (CRF01, B)
CRF34_01B (CRF01, B)
CRF35_AD (A, D)
CRF36_cpx (CRF01, CRF02, A, G)
CRF37_cpx (CRF01, CRF02, A, G, U)
CRF38_BF (B, F1)
CRF39_BF (B, F1)
CRF40_BF (B, F1)
CRF41_CD (C, D)
CRF42_BF (B, F1)
CRF43_02G (CRF02, G)
CRF44_BF (B, F1)
CRF45_cpx (A, K, U)
CRF46_BF (B, F1)
CRF47_BF (B, F1)
CRF48_01B (CRF01, B)
CRF49_cpx (A1, C, J, K, U)
CRF50_A1D (A1, D)
CRF51_01B (CRF01, B)
CRF52_01B (CRF01, B)
CRF53_01B (CRF01, B)
CRF54_01B (CRF01, B)
CRF55_01B (CRF01, B)
CRF56_cpx (CRF02, B, G)
CRF57_BC (B, C)
CRF58_01B (CRF01, B)
CRF59_01B (CRF01, B)
CRF60_BC (B, C)
CRF61_BC (B, C)
CRF62_BC (B, C)
CRF63_02A (CRF02, A6)
CRF64_BC (B, C)
CRF65_cpx (CRF01, B, C)
CRF66_BF1 (B, F1)
CRF67_01B (CRF01, B)
CRF68_01B (CRF01, B)
CRF69_01B (CRF01, B)
CRF70_BF (B, F1)
CRF71_BF (B, F1)
CRF72_BF (B, F1)
CRF73_BG (B, G)
CRF74_01B (CRF01, B)
CRF75_01B (CRF01, B)
CRF76_01B (CRF01, B)
CRF77_cpx (CRF01, B, C)
CRF78_cpx (CRF01, B, C)
CRF79_0107 (CRF01, CRF07)
CRF80_0107 (CRF01, CRF07)
CRF81_cpx (B, C, F1)
CRF82_cpx (CRF01, B, C)
CRF83_cpx (CRF01, B, C)
CRF84_A1D (A1, D)
CRF85_BC (B, C)
CRF86_BC (B, C)
CRF87_cpx (CRF01, B, C)
CRF88_BC (B, C)
CRF89_BF (B, F1)
CRF90_BF1 (B, F1)
CRF91_01C (CRF01, C)
CRF92_C2U (C, U)
CRF93_cpx (A1, A5, C, CRF02, U)
CRF94_cpx (CRF02, B, F2)
CRF95_02B (CRF02, B)
CRF96_cpx (CRF01, B, C)
CRF97_xx
CRF98_06B (CRF06_cpx, B)
CRF99_BF1 (B, F1)
CRF100_01C (CRF01, C)
CRF101_01B (CRF01, B)
CRF102_cpx (CRF07, CRF07)
再検索
によると次の通り。