SARS-CoV-2 ORF1ab蛋白
読み：さーず-ころなういるす-つー-すぱいく-たんぱく
外語：SARS-CoV-2 ORF1ab protein: open reading frame 1ab protein

　SARS-CoV-2(武漢肺炎ウイルス)が持つ蛋白の一つで、最大のもの。
目次
概要
　SARS-CoV-2が持つゲノム全体の71.2%がORF1abという遺伝子である。
　これは本来なら別々の蛋白質であるORF1aとORF1bが融合したもので、7096アミノ酸にもなる。こうなる理由は後述するが、その理由によってORF1abはそのままでは機能しない。
　結果としてこのORF1abは機能しない蛋白質なので本来ならこれは致死的な突然変異であるが、蛋白質分解酵素で切断されると機能する蛋白質になるためウイルスは奇跡的に生存できている。
　蛋白質分解酵素で切断されることにより16種類の機能する蛋白質となり、この中にRNA複製に関与するRNA依存性RNAポリメラーゼ(nsp12)や、RNA複製時のエラーを構成する酵素(nsp14)といったものが含まれている。
特徴
ヌクレオチド13,468
　ORF1abは非常に特徴的なゲノム配列である。通常、3ヌクレオチド=1アミノ酸となるトリプレット暗号であるので遺伝子の長さは3で割り切れる。しかしORF1abは3で割り切れない。これはヌクレオチド13,468が2回使用されるからである。
　mRNAの配列によって、「滑りやすい配列」とされるXXXYYYZ構造のヘプタヌクレオチドがある。SARS-CoV-2のゲノムの場合、UUUAAACという構造が該当し、ヌクレオチド13,468で滑る。このため13451から見て、本来なら
　13451 GCA[A] CAA[Q] UCG[S] UUU[F] UUA[L] AAC[N] GGG[G] UUU[F] GCG[A] GUG[V] UAA[終止]
　と翻訳され、終止コドンで止まってここで無事にORF1aという蛋白質ができるべきところ、リボソームがスリップを起こしてヌクレオチド13,468が2回翻訳されるため、以降1ヌクレオチドずつずれたフレームシフト突然変異を起こし、結果として7,096アミノ酸の蛋白質を作る。
　13451 GCA[A] CAA[Q] UCG[S] UUU[F] UUA[L] AAC[N] CGG[R] GUU[V] UGC[C] GGU[G] GUA[V] AGU[S] GCA[A]…
nsp1〜16
　機能しないORF1abが、ウイルス由来の「メインプロテアーゼ」「パパイン様(よう)プロテアーゼ」およびヒトが持つ分解酵素によって、これが十数種類の断片に切断される。これが、新しいウイルスを形づくる蛋白質や増殖に必要な機能を果たす酵素として機能する。
　蛋白質分解酵素で分解されると、概ね16個の蛋白質nsp1〜16が生成される。
アミノ酸配列
　終止コドンを含む266..13468,13468..21555の範囲(遺伝子長21,288、アミノ酸長7,096)から作られる、遺伝子ORF1abのアミノ酸配列は次の通りである。これは支那の武漢市で検出されたオリジナルのSARS-CoV-2(いわゆる武漢株、Wuhan-Hu-1)のもので、他の株は概ねどこかが変異している。末端の終止コドンは略し、実際の7,095アミノ酸長を記す。
　フレームシフト突然変異が発生しているヌクレオチド13,468に対応するアミノ酸を強調している。
ORIGIN
   1 MESLVPGFNE KTHVQLSLPV LQVRDVLVRG FGDSVEEVLS EARQHLKDGT CGLVEVEKGV
  61 LPQLEQPYVF IKRSDARTAP HGHVMVELVA ELEGIQYGRS GETLGVLVPH VGEIPVAYRK
 121 VLLRKNGNKG AGGHSYGADL KSFDLGDELG TDPYEDFQEN WNTKHSSGVT RELMRELNGG
 181 AYTRYVDNNF CGPDGYPLEC IKDLLARAGK ASCTLSEQLD FIDTKRGVYC CREHEHEIAW
 241 YTERSEKSYE LQTPFEIKLA KKFDTFNGEC PNFVFPLNSI IKTIQPRVEK KKLDGFMGRI
 301 RSVYPVASPN ECNQMCLSTL MKCDHCGETS WQTGDFVKAT CEFCGTENLT KEGATTCGYL
 361 PQNAVVKIYC PACHNSEVGP EHSLAEYHNE SGLKTILRKG GRTIAFGGCV FSYVGCHNKC
 421 AYWVPRASAN IGCNHTGVVG EGSEGLNDNL LEILQKEKVN INIVGDFKLN EEIAIILASF
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7081 RENNRVVISS DVLVNN
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